Primele date privitoare la existenta localitatii provin de pe vremea dacilor (mileniul I i. Ch.) si se datoreaza numeroaselor descoperiri arheologice facute in zona. Conform teoriilor mai multor istorici, numele de Germisara al castrului roman construit dupa cucerire (sec. II d. Ch.) este de origine daca si castrul insusi a fost ridicat pe locul unei vechi cetati dacice. GERMISARA insemna "apa calda" (germi = caldura; sara = cadere de apa) si se referea la apele termale din zona, cunoscute de daci si exploatate apoi, la un nivel superior, de romani.Prima marturie scrisa despre Geoagiu dateaza din 1291, numele sau aparand intr-n document ca hotar pentru o mosie din Bintinti (astazi: satul Aurel Vlaicu). Incepand din 1397, Geoagiu a devenit resedinta unui mare domeniu feudal. Ultimul lui proprietar a fost Ioan Corvin, fiul lui Matei Corvin, care l-a detinut pana in 1506, cand domeniul a intrat in posesia regalitatii ungare.Un an mai tarziu, la 5 decembrie 1507, a fost donat lui Radu cel Mare, domnitorul Tarii Romanesti, sotiei sale Anca si fiului lor Vlad. In aceasta perioada, Geoagiu a crescut in importanta, anul 1510 aducandu-i calificarea la rangul de Oppidum (targ), in care exista o curie (curte boiereasca).Din 1517 a revenit, pentru doar 14 ani, sub stapanirea romaneasca a lui Neagoe Basarab, domnitorul Tarii Romanesti, care l-a administrat prin trimisii sai, boierii romani Horvat si Cioara. In aceasta perioada (anul 1528) a fost ridicata biserica ortodoxa din Suseni.In 1531, regele Ioan Zapolya a secularizat oppidum-ul Geoagiu ca avere manastireasca si l-a donat, impreuna cu 18 sate si cu castelul din centrul localitatii, celui mai devotat conducator de osti al sau, Kun Kocsard (Gothard de Ozsodolay).Dupa unirea Transilvaniei cu Romania, la 1 Decembrie 1918, fostul domeniu feudal si cateva mosii invecinate au constituit Plasa Geoagiu.In iunie 2001, localitatea a fost ridicata la rang de oras, fiind primul oras infiintat in Romania in mileniul III.